Wetenschap - 16 oktober 2019

DNA-test leidt naar bron listeria-infectie

tekst:
Anja Janssen

Twintig mensen zijn in de afgelopen twee jaar besmet geraakt met de ziekteverwekker listeria door het eten van vleeswaren. Wageningen Food Safety Research ontwikkelde en deed de DNA-test voor voedselmonsters die de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA) bewijsmateriaal opleverde voor de besmettingsbron.

Beeld: Shutterstock

Door toepassing van de test kan Wageningen Food Safety Research (WFSR) uiteindelijk vaststellen of de listeria afkomstig is uit de productieomgeving of het productieproces zelf, óf dat de ziekteverwekker met toegeleverde ingrediënten de fabriek binnenkomt. ‘Overigens weten we nooit uit welke fabriek een monster komt’, zegt businessunitmanager Microbiologische en chemische voedselanalyse Eric van der Made van WFSR. ‘Wij krijgen gecodeerde samples. Alleen de NVWA als toezichthouder weet uit welk bedrijf deze samples afkomstig zijn.’ Met de gebruikte DNA-techniek, whole genome sequencing (WGS), wordt het genoom van listeria uit voedselmonsters in kaart gebracht. De uitkomst is een lange lijst van DNA-bouwstenen (de basen adenine, cytosine, guanine en thymine) in een bepaalde volgorde.

DNA-sequenties
NWFSR doet dit sinds 2017 voor alle monsters die het van de NVWA binnenkrijgt voor onderzoek naar listeria, vertelt onderzoeker Menno van der Voort van WFSR. ‘Vervolgens gaan we die DNA-sequenties op elkaar leggen en vergelijken.’ Aan de hand van de overeenkomsten worden ze in groepjes (clusters) ingedeeld. Het listeriagenoom telt zo’n 3 miljoen basen, weet Van der Voort, en bij minder dan 20 verschillende basen komen de genomen in hetzelfde cluster terecht.

Voedselinfecties
Bij het onderzoek naar voedselinfecties, zoals infecties veroorzaakt door listeria (listeriose genaamd), speelt het RIVM eveneens een cruciale rol. Ook RIVM-onderzoekers passen WGS toe, maar dan op listeria geïsoleerd uit patiënten, en ook zij clusteren die data om te zoeken naar mogelijke besmettingsbronnen. ‘We hebben zo’n drie jaar geleden samen een database opgezet om die informatie te delen’, zegt Van der Voort. Bij de recente gevallen van listeriose bij mensen en listeria in voedselmonsters zagen RIVM en WFSR hetzelfde cluster, waarna ze bij de NVWA aan de bel trokken dat er mogelijk iets aan de hand was.

Eerste succesvolle opsporing
In Nederland is dit de eerste succesvolle opsporing van de voedselbron van een listeria-infectie met WGS. Maar de techniek wordt wereldwijd toegepast en met name in de VS zijn hier al eerder bronnen van voedselinfecties met listeria mee achterhaald, vertelt Van der Voort. ‘De hele wereld gebruikt het, maar om gestructureerd WGS-data te analyseren, heb je wel een goede analysepijplijn nodig. Het schrijven en verbeteren van die data-analyseprogramma’s heeft ons zo’n twee jaar gekost. Ook moet een database worden gevuld. Nu zijn we zover dat resultaat kan worden geboekt en de NVWA als toezichthouder de juiste vervolgacties kan uitzetten. ’

Van der Voort en Van der Made willen bij het onderzoeken van listeriabesmettingen verder op de ingeslagen weg. Naarmate de database met DNA-sequenties en clusters groeit, kan WGS ook beter voorspellend worden ingezet. Van der Made: ‘We moeten ons nog meer op dit soort technieken richten, omdat je daarmee proactief kunt handelen, wat uiteindelijk leidt tot een betere beheersing van de voedselveiligheid.’


Re:ageer