Theo van Hintum overhandigt het eerste zakje slazaad aan Yonghong Mei, president van BGI Agricultural Group in China, ©Erik Toussaint
Het CGN, onderdeel van de Plant Sciences Group, heeft een overeenkomst gesloten met het BGI (voorheen Beijing Genomics Institute) in China. Dat instituut brengt gratis het genoom in kaart van de sla-varianten uit de genenbank van het CGN. De genenbank heeft 2500 ‘accessies’ (vindplaatsen) van wilde en gecultiveerde sla die interessante eigenschappen kunnen bevatten voor groenteveredelaars. Door deze genetische variatie te sequencen in het Chinese instituut, komt die nu digitaal beschikbaar voor veredelaars en onderzoekers wereldwijd.
Kennisvoorsprong
Het Chinese genomics-instituut vraagt wel iets terug voor de gratis service. Het CGN stelt de digitale sla-genomen pas anderhalf jaar na afloop van het project beschikbaar aan haar klanten. Tot die tijd kunnen WUR en BGI een kennisvoorsprong opbouwen bij het ontwikkelen van methoden voor het vinden van interessante genen voor nieuwe slarassen.
Enorme dataset
Theo van Hintum, hoofd van CGN, is zeer verguld met de overeenkomst. ‘We krijgen nu een enorme dataset met genetische informatie over sla, waarmee we voorop kunnen blijven lopen in onze dienstverlening. Ten eerste kunnen we met die informatie veel beter voorspellen in welke sla-accessies bijvoorbeeld ziekteresistentie zit, zodat we minder varianten hoeven te screenen om de gewilde eigenschap te vinden. En ten tweede leren we de diversiteit van onze sla-collectie beter kennen, zodat we de biodiversiteit effectiever kunnen bemonsteren, beheren en overdragen aan de volgende generaties.’
Vertalen
Het CGN is de eerste genenbank in de wereld die door de overeenkomst met BGI de beschikking krijgt over zo’n grote dataset met DNA sequenties. Van Hintum: ‘Die dataset moeten we vertalen naar relevante informatie. De methodiek daarvoor bestaat nog niet.’
Hij vindt het geen probleem dat ook BGI nu de beschikking krijgt over de enorme dataset met sla-genen. Het Chinese instituut had de sla-varianten van CGN, die publiek beschikbaar zijn, ook kunnen opvragen om ze zelf in kaart te brengen. ‘Dan hadden ze de resultaten niet hoeven te delen, maar ze wilden liever samenwerken.’ Omgekeerd had ook de WUR de sla-varianten kunnen sequencen, maar dat had veel langer geduurd, want het BGI heeft veel meer sequence-apparate