Wetenschap - 30 mei 2002

Snellere detectie bacteriën met DNA-chip

Snellere detectie bacteriën met DNA-chip

Promovendus Kees Roest van het laboratorium voor Microbiologie heeft een methode ontwikkeld om micro-organismen veel sneller te kunnen identificeren in het lab.

Met de gangbare methode kunnen met de microscoop een paar bacteri?n tegelijk worden ge?dentificeerd, met de nieuwe methode een stuk of honderd of zelfs duizenden, afhankelijk van de beschikbare apparatuur. Roest maakt gebruik van de zogeheten DNA-array techniek, die tot nu toe werd ingezet om de werking van afzonderlijke genen te onderzoeken.

"De gangbare techniek is de Fluorescente In Situ Hybridisatie oftewel FISH", vertelt Roest. "Aan een monster van onbekende micro-organismen voeg je stukjes DNA toe die typerend zijn voor bepaalde micro-organismen en die je fluorescent hebt gemaakt. Als zo'n DNA-merker zich bindt aan het genetisch materiaal (RNA) van de onbekende micro-organismen in je monster, dan weet je dat het van hetzelfde soort micro-organisme komt. Door met verschillende fluorescente kleuren te werken, kan je met een microscoop in ??n keer maximaal een stuk of vijf verschillende micro-organismen onderscheiden."

Met de DNA-arraytechniek is Roest nu in staat om in ??n keer zo'n tachtig verschillende micro-organismen te onderscheiden. "Ben je met de oude techniek soms een week bezig om enkele bacteri?n te identificeren, met deze nieuwe techniek kan je in een dag tientallen bacteri?n identificeren."

Volgens het principe van de DNA-arraytechniek plaatst hij zo'n tachtig DNA-merkers in een soort telraam-structuur naast elkaar en vervolgens voegt hij aan deze DNA-chip ander DNA toe van micro-organismen die hij wil identificeren. Dit 'vreemde' DNA maakt hij eerst radioactief, en als dit zich bindt aan een van de merkers in de DNA-chip, is dat te detecteren met een scanner. Aan de hand van de positie van dit gebonden DNA wordt dan duidelijk om welke micro-organismen het gaat.

"We kijken dus niet naar verschillende kleuren, maar we kijken op welke posities het DNA zich bindt en zo kunnen we veel meer micro-organismen identificeren. Met een speciale precisie-pipet kan je zelfs enkele honderden DNA-merkers nauwkeurig plaatsen op een glasplaatje, en dan ook honderden micro-organismen in ??n keer identificeren. Beter nog is hiervoor een robot te gebruiken zodat je er duizenden kan identificeren. Onze onderzoeksgroep is voor zo'n robot aan het sparen."

Roest werkt met slibmonsters uit een biologische waterzuiveringsinstallatie, maar de techniek kan volgens hem ook van groot nut zijn voor onderzoek naar micro-organismen in etenswaren en het menselijk lichaam. De microbioloog heeft inmiddels bezoeken gebracht aan universiteiten in Turkije en Portugal, waar milieutechnologen erg ge?nteresseerd zijn in zijn onderzoek. | H.B.

Re:ageer