Wetenschap - 16 november 2012

Groenen bracht 50 genomen van het varken in kaart

Afgelopen week werd het genoom van het varken gepubliceerd in Nature. Maar die was al langer bekend bij de onderzoekers zelf. Zo vergeleek de Wageningse geneticus Martien Groenen de afgelopen paar jaar 50 genomen van varkens en wilde zwijnen.

VarkenFamily_FotgrMartienGroenen_DSC0313.jpg
Hoe is het genoom van het varken door de eeuwen heen veranderd onder invloed van domesticatie en selectie? Dat was de centrale vraag voor Martien Groenen tijdens het ophelderen van het genoom van het varken, waarover hij afgelopen week publiceerde in Nature. Daarom heeft het internationale Swine Genome Sequencing Consortium, waaraan hij mede leiding gaf, niet alleen HET genoom van het varken opgehelderd, maar tientallen genomen van wilde zwijnen en gedomesticeerde varkens in kaart gebracht.
Nature publiceerde het referentie-genoom van het varken, maar ook de vergelijking van dit genoom met het DNA van allerlei zwijnen- en varkensrassen. Met behulp van de European Research Grant van de EU, waarvan hij in 2010 2,5 miljoen euro kreeg, heeft Groenen de genenvolgorde van tientallen dieren bepaald. In totaal zijn er inmiddels al 170 genomen gesequenced, volgend jaar zijn dat er 300, schat Groenen. ‘Zo kunnen we steeds meer genetische variatie zoeken en die koppelen aan eigenschappen.’
De onderzoekers beschikten over een enorme berg aan genetische informatie over het varken, waarvan de meest opvallende zaken dezer dagen in een twintigtal wetenschappelijke artikelen worden uitgelegd. Zo vond het consortium dat het varken, ten opzichte van de mens en andere landbouwhuisdieren, meer receptoren heeft die chemische stoffen kunnen ruiken. Dat is wel logisch, zegt Groenen, want het varken wroet van nature zijn kostje bijeen in de bodem en daarbij is hij aangewezen op zijn reuk. Daarentegen heeft het varken minder genen dan de mens die de smaak van voedsel bepalen. Groenen denkt dat dit een voordeel is geweest bij de domesticatie van het varken, omdat de alleseter de afgelopen eeuwen vooral met het afval van de mens is gevoed.
Een ander verschil tussen wilde zwijnen en het varken als landbouwhuisdier is dat het varken langer is dan zijn wilde voorouders, vond Groenen samen met Zweedse en Deense onderzoekers. Tijdens de domesticatie zijn varkens geselecteerd die enkele rugwervels meer hebben, blijkt uit de genoomvergelijking tussen wilde zwijnen en tamme varkens. Hij vergeleek vijftig genomen van varkens, die per stuk 21.640 genen en 2,8 miljard baseparen bevatten.
Die genetische informatie moet de komende jaren ook praktische informatie voor de fokkerij opleveren. Daarbij gaat het met name om complexe eigenschappen die worden aangestuurd door een netwerk van genen. Zo hoopt Groenen de genen te vinden die het immuunsysteem van het varken versterken tegen schadelijke virussen, in de zoektocht naar robuuste varkensrassen die minder medicijnen nodig hebben. Verder is fokkerij-organisatie Topigs al bezig om de genen te vinden die berengeur veroorzaken, om zo de vleeskwaliteit van ongecastreerde beren te waarborgen.  

Re:ageer