Wetenschap - 24 februari 2016

Dies natalis over big data

tekst:
Koen Guiking

De 98e verjaardag van Wageningen UR wordt op 9 maart gevierd met een serie lezingen over big data. Naast hoofdspreker Laxmi Parida van IBM Research vertellen drie Wageningse onderzoekers hoe zij relevante informatie destilleren uit bergen data.

Opening academisch jaar 2015. Foto: Bart de Gouw

Opening academisch jaar 2015. Foto: Bart de Gouw

‘Ik zal laten zien hoe ik het gedrag van micro-organismen voorspel met behulp van genoominformatie’, zegt microbioloog Heidy den Besten. Zij onderzoekt het gedrag van pathogene bacteriën in de voedselketen. Die ziekmakende bacteriën komen daar over het algemeen slechts in hele kleine aantallen voor, naast veel onschadelijke bacteriën. Om het DNA van die pathogene bacteriën te kunnen analyseren, moet Den Besten eerst de kleine fractie bacteriën isoleren uit een grote populatie en daarvan vervolgens het genoom laten sequencen. ‘Toen het menselijk genoom voor het eerst gesequenced werd, duurde dat jaren. Nu kan ik zo het genoom van twintig organismen laten sequencen en krijg ik binnen een maand de data teruggestuurd. Die informatie over miljoenen base-paren moet ik vervolgens wel zelf gaan analyseren’, vertelt Den Besten. ‘Daaruit leer ik bijvoorbeeld waarom de ene isolaat meer zuurresistent is dan de andere.’

De batterijtemperatuur van smartphones blijkt gerelateerd te zijn aan de luchttemperatuur buiten.
Gert-Jan Steeneveld

Meteoroloog Gert-Jan Steeneveld vertelt op de dies natalis hoe hij informatie over de batterijtemperatuur van smartphones gebruikt om voorspellingen te doen over de temperatuur in de stad. En dat op straatniveau. ‘Smartphonegebruikers die een bepaalde app geïnstalleerd hebben geven allerlei informatie door over de netwerksterkte op de plek waar zij zijn. Als bijproduct wordt ook de batterijtemperatuur van de telefoons doorgegeven. Die batterijtemperatuur blijkt gerelateerd te zijn aan de luchttemperatuur. Op basis van die data kunnen wij dus aangeven op welke plekken in de stad mensen last kunnen krijgen van hittestress.’ Uiteraard worden de voorspellingen op basis van telefoongegevens gevalideerd. Dat gebeurt met weerstations die in Amsterdam aan lantaarnpalen gehangen zijn. En de laatste stap, verklapt Steeneveld, is om een app te ontwikkelen waarbij het publiek via kleurcodes op het telefoonscherm kan zien waar in de stad hitte is en waar verkoeling gevonden kan worden.

Arjen Daane van het LEI gebruikt ook data die door andere worden aangeleverd. ‘Wij werken met een groep tuinders om de oogstopbrengsten en de marktkansen te voorspellen.’ De rekenkracht van computers wordt gekoppeld aan de kennis van de tuinders, legt Daane uit. ‘Met alleen de keiharde cijfers die computers leveren op basis van algoritmen ben je er niet.’ Tuinders houden namelijk rekening met factoren die de computer niet kent. Zij kunnen de computer dus corrigeren. Daane: ‘Bij het LEI selecteren wij vervolgens de tuinders die het beste corrigeren en op basis van de computerberekingen en de beste expert knowledge maken we voorspellingen over de opbrengst en de vraag in de markt.’

De drie Wageningse wetenschappers spreken na de keynote speech van Laxmi Parida, hoofd van de Computational genomics group van het Thomas J. Watson Research Center van IBM. Ook rector magnificus Arthur Mol spreekt uiteraard op dit verjaardagsfeest. Medewerkers en studenten kunnen zich via www.wur.nl/dies aanmelden om de ceremonie bij te wonen.

Lees ook:


Re:ageer