Wetenschap - 9 november 2009

DNA-test spoort snel schadelijke aaltjes op

De Plantenziektenkundige Dienst en analyselaboratorium Blgg kunnen bodemmonsters met tienduizend aaltjes in één klap controleren op de aanwezigheid van schadelijke aaltjes. Met dank aan de verwantschapsboom van twaalfhonderd nematodensoorten die de leerstoelgroep Nematologie onlangs publiceerde.

080221_sarid_nematode.jpg
Bloembollen, aardappels en groenten voor bijvoorbeeld de export moeten voortdurend op schadelijke aaltjes worden gecontroleerd vanwege strenge Europese wetgeving. Ook de bodems waarop ze groeien moeten vrij zijn van de schadelijke aaltjes zoals stengel-, aardappelcysten-, en wortelknobbelaaltjes. Screeningslaboratoria voor de land- en tuinbouw hebben tientallen analisten in dienst om bodemmonsters hierop te onderzoeken.
Lastig en tijdrovend werk, want in onze bodem wemelt het van de nematoden (aaltjes). Bovendien zijn de schadelijke nematoden heel lastig van hun nuttige soortgenoten te onderscheiden. ‘Voorheen was het lastig om personeel te vinden en vast te houden voor deze arbeidsintensieve, routinematige analyse’, zegt nematoloog dr. Hans Helder.  ‘Nu kan dit met een klein aantal, algemeen moleculair geschoolde analisten’.
Helder heeft samen met collega’s de verwantschap van twaalfhonderd nematoden vervat in een boom. Niet eerder is zo’n grote verwantschapsboom gepubliceerd. De boom is niet compleet, maar het dekt wel een groot deel van de diversiteit in Noordwest-Europese bodems. De belangrijkste ziekteverwekkers in de landbouw en verwante soorten zijn in detail in kaart zijn gebracht. ‘Dat is goud waard voor de toepassing’, zegt Helder.
 
Octrooien
De verwantschapsboom was twee jaar geleden al klaar. In samenspraak met technologiestichting STW, de financier van dit onderzoek, zijn enkele werkwijzen geoctrooieerd. ‘Deze octrooien maakten het voor bedrijven interessant om in deze detectietechnologie te investeren’, zegt Helder. Het Blgg heeft inmiddels met deze kennis de nieuwe screeningsmethode op de markt gebracht.
Aan de basis van de methode ligt een stukje genoom dat de eiwitsynthese van nematoden aanstuurt. Helder kan aan de hand van de DNA-volgorde aflezen om welke nematode het gaat en of deze schadelijk is. 
De ontwikkeling van de verwantschapsboom heeft ook fundamentele inzichten opgeleverd. ‘We hebben getracht de evolutie te reconstrueren’, zegt Helder. ‘En daarbij kwam bijvoorbeeld de vraag op: hebben die parasitaire nematoden een oermoeder? Wat blijkt: nee, de planten- en dierparasieten onder de nematoden zijn allemaal meerdere keren en onafhankelijk van elkaar in de loop van de evolutie ontstaan.’

Re:ageer